まず検査を行って歯周病の進行度を調べます。次に歯みがき指導や歯石除去により歯垢の除去を行います。重度の場合は検査や歯石除去を繰り返しますが、歯周ポケットが減少しない場合は歯周外科を行うことがあります。いずれの場合も治療後はメンテナンスを行い安定した状態が続くよう努めます。

歯周病にかかった場合は、まず精密な検査を行って現在の歯ぐきや歯槽骨の状態、歯周病を悪化させる要因の有無などを分析し治療計画をたてます。まずは原因除去が重要ですから、歯みがきの練習を行います。歯みがきをすることにより、歯ぐきの炎症が減少します。ぶよぶよして出血しやすい歯ぐきも正しく歯みがきをすることにより、かなり引き締まってきます。そうすると歯ぐきの中の歯石が見えやすくなり、歯石除去が効果的に行えるようになります。歯石を取ると歯石の表面や内部の細菌が減り、さらに歯ぐきが引き締まってきます。

歯みがきと歯石除去で歯ぐきの状態はかなり良くなりますが、これだけではすぐに再発することがあります。歯垢がつきにくい、また歯垢を取りやすいお口の環境にする必要があります。たとえば適合の悪い修復物などは除去しなければなりません。また異常な咬み合わせがあると変な力がかかって、歯槽骨が吸収しやすくなるので咬み合わせの調整も必要です。さらに歯周病が進行して歯がぐらぐらしている場合などは、全体のバランスや歯の価値を考えて早期に抜歯することもあります。このような歯周基本治療によって歯ぐきの状態は改善し、ある程度安定した状態が得られます。この時点で再度精密な検査を行い、状態がよければメンテナンスに移行します。

歯周基本治療を行っても深い歯周ポケットが残っていると、歯ブラシが届かず再発の危険がありますので歯周外科を行うことがあります。歯周外科を行うことにより、歯槽骨の形態をよくしたり歯周ポケットを減らすことができ、清掃しやすい環境ができます。また健康保険の対象外になりますが、症例によっては歯周組織再生療法によってある程度、歯槽骨や歯ぐきを増やすことができます。このような歯周外科を行ったあともやはり精密な検査を行い、治療効果を確認します。

歯周治療後は歯ぐきの炎症は減少していますが、歯槽骨による支持が十分でないこともありますので、修復物で歯を固定することもあります。このようにひとくちに歯周治療と言っても症状やお口の環境によって治療の流れや期間が異なりますので、歯科医師と十分に話し合う必要があります。また、いくら良い治療を受けても自分でしっかり歯みがきをしないと歯ぐきの状態は良くならないことを認識し、治療が終わったあとも定期的にメンテナンスを受けることが重要です。

2018年6月に、アメリカ歯周病学会（AAP）・ヨーロッパ歯周病連盟（EFP）より公表された歯周病の新分類をもとに、日本歯周病学会では、ステージとグレードという診断のフレームワークが導入されました。
歯周炎の重症度・複雑度が4つのステージ（ステージ1が最も軽症、ステージ4が最も重症）に、歯周炎の進行リスクが3つのグレード（グレードAが最も低いリスク、グレードCが最も高いリスク）に分けられ、グレードの決定に関しては喫煙や糖尿病といったリスクファクターが勘案されることとなりました。

個々人の生活習慣によって歯周病の進行リスクは異なります。例えば、喫煙者は非喫煙者と同じバイオフィルムの蓄積量でも、より早く歯周組織が破壊されていきます。喫煙者同様に糖尿病の診断を受けている方も極めてリスクが高くなります。歯周病を治すためには、糖尿病の管理や喫煙習慣の見直しも大切な要因となります。

歯周病原細菌の中で青字の3菌種（A.actinomycetemcomitans、P.gingivalis、T.forsythensis）については、さまざまな研究から強い関連性が判明し、1996年の世界歯周疾患ワークショップで歯周病原細菌として認められたものです。その後、SocranskyらはP.gingivalis、T.fosythensisにT.denticolaを加えた3菌種をRed Complex（レッド・コンプレックス）と呼び歯周病と強く関連する菌として分類しています。